Był to batalion kadrowy, w jego skład wchodziło 3 kapitanów, 13 poruczników i 22 podporuczników. Harcerski charakter podkreślał fakt, że w jego składzie osobowym było ponad 40 harcmistrzów, instruktorów ZHP z okresu międzywojennego. Żołnierze batalionu byli przeszkoleni na wielu kursach specjalistycznych.

W momencie wybuchu Powstania batalion „Wigry” był skoncentrowany na Starym Mieście jako odwód komendanta Okręgu Warszawskiego AK.

Na koncentrację dotarło ok. 300 wigierczyków (m.p. w gmachu Ministerstwa Sprawiedliwości przy ul. Podwale 23). Na rozkaz dowództwa Powstania (2 sierpnia 1944 r.) ok. 200 żołnierzy I rzutu „Wigier” wraz z innymi oddziałami odwodowymi zgrupowania „Paweł” przeszło na Wolę z zamiarem przebicia się do Kampinosu dla uzupełnienia uzbrojenia.

Po odwołanym wyjściu z Woli „Wigry” bronią jej do 6 sierpnia, uczestnicząc w krwawych walkach (m.in. obrona ul. Długosza, cmentarza Ewangelickiego) i ponosząc duże straty w ludziach (15 poległych, 25 rannych, 20 zaginionych). Za męstwo otrzymują 1 Virtuti Militari i 5 Krzyże Walecznych; a dowódca „Trzaska” nominację na kapitana (rozkaz z 18 sierpnia).

W dniu 6 sierpnia następuje wycofanie na Stare Miasto i połączenie z pozostałą tam grupą II rzutu „Wigier”, powiększoną dzięki inicjatywie kpt. Pawła Leńskiego „Lecha II” o ochotników ze Starówki.
Przeformowane „Wigry” 8 sierpnia wchodzą jako baon odwodowy w skład zgrupowania „Róg”, zachowując charakter batalionu odwodowego. W związku z tym działania batalionu miały charakter zdecentralizowany i były prowadzone w ramach innych oddziałów i odcinków. Żołnierze „Wigier” walczyli w obronie rejonu katedry św. Jana, Pałacu Mostowskich, brali udział w ataku na Dworzec Gdański, bronili Starego Miasta od strony Skarpy wiślanej. Od 27 sierpnia „Wigry” wraz z IV baonem WSOP „Dzik” tworzą zgrupowanie „Trzaska”. W nocy z 30 na 31 sierpnia oddziały batalionu brały udział w próbie. 

1 i 2 września wigierczycy osłaniali ewakuację Starego Miasta kanałami. Na Starym Mieście poległo 2 oficerów i około 150 żołnierzy z „Wigier”, kilkudziesięciu rannych zostało zamordowanych w szpitalach Starego Miasta przez Niemców. Część wigierczyków zdołała przejść kanałami (2-3 września) do Śródmieścia, gdzie pod dowództwem rannego kpt. „Trzaski” utworzyli Oddział Bojowy, którym dowodzili kolejno: kpt. Leoncjusz Wancerski „Zaremba” i por. Jan Golański „Roman”.

Wigierczycy do 2 października uczestniczą w walkach (w ramach zgrupowania „Bartkiewicz”): o Dworzec Pocztowy, w obronie barykady na ul. Świętokrzyskiej-Czackiego, odcinka Mazowiecka-Świętokrzyska-pl. Napoleona, i odcinka „Radzymin” (Królewska-Marszałkowska).

Po kapitulacji 133 wigierczyków" z dowódcą - jako 9. kompania 36 pp Legii Akademickiej - opuściło Warszawę.

Straty baonu „Wigry":
Powstanie Warszawskie - 160 poległych, ok. 180 zaginionych i ok. 120 rannych.

Ordre de bataille Batalionu Harcerskiego „Wigry”

dowódca batalionu - por. rez. art. Eugeniusz Konopacki „Trzaska”
I zastępca - ppor. rez. Władysław Ludwig „Kamil”
II zastępca - ppor. rez. sap. Roman Kaczorowski „Prokop”
lekarz - dr med. Izabela Niedźwiedzka-Trzaskowska „Bella Zawilska”;
pluton sanit.-łącz. - Maria Sielużycka-Czermińska „Isia Dąbrowska”

1. kompania „Witold” - ppor. rez. Władysław Ludwig „Kamil”
zastępca - por. rez. adw. Jan Makowiecki „Platon”
adiutant - ppor. Czesław Szmakfefer „Szczupak”
pluton 1911 - ppor. Stanisław Rekłajtis „Rekin”
pluton 1913 - ppor. Antoni Grzelecki „Czaki”

2. kompania „Czesław" - ppor. rez. Roman Kaczorowski „Prokop”
zastępca - ppor. rez. łącz. Jerzy Krygier „Wojnicz”
szef - sierż. pchor. Jan de Virion „Bożeniec”
pluton 1912 - ppor. Kazimierz Hempel „Cambel”
pluton 1914 - por. sł. st. piech. Paweł Augustyn Leński „Lech II”

3. kompania „Edward” - kpt. piech. Edward Solon „Ateński”
zastępca - ppor. rez. piech. Jerzy Michał Gomóliński „Rogala”
szef - chor. NN „Brzoza”
pluton 1915 - por. rez. art. Bohdan Machan „Akaga”
pluton 1916 - ppor. NN „Mar” (nie stawił się)